Las microcuencas metropolitanas con problemas críticos de inundaciones Atemajac, San Juan de Dios y la parte poniente de El Ahogado con más de 20 sitios recurrentes de anegación cada una recaen en el territorio completo de Guadalajara y el sur de Zapopan. Así lo revela el Mapa Unico de Inundaciones del Ime plan, que señala en rojo a dichas microcuencas, las cuales coinciden con las de mayor cantidad de cauces desaparecidos debido a la urbanización, según muestra el propio instrumento.