La CEDHJ es el segundo organismo de defensoría a nivel Estado con más presupuesto del país, sólo por detrás del correspondiente a la Ciudad de México. De acuerdo con el Censo Nacional de Derechos Humanos Federal y Estatal 2020, del Inegi, la CEDHJ tuvo un gasto de 145 millones de pesos durante el año pasado, aunque la información publicada en el portal de Transparencia de la Comisión señala que ejerció 3.5 MDP más.
