El Poder Judicial en Jalisco no es autónomo. La forma en que se maneja el presupuesto que recibe lo ha colocado en una situación de “dependencia y subordinación” al Poder Ejecutivo. Así lo señala un documento emitido por el Consejo de la Judicatura en la petición de presupuesto 2021. A pesar de eso, su solicitud no fue escuchada. En el proyecto de Presupuesto de Egresos de 2021 que envió el gobernador Enrique Alfaro Ramírez al Congreso del Estado sólo incrementa 3 por ciento al Poder Judicial, con respecto a 2020.