Aunque el Gobierno de Tlajomulco adquirió una deuda de 150 millones de pesos en 2016 para ampliar tres plantas de tratamiento alrededor de la Laguna de Cajititlán y revertir la contaminación, estudios oficiales revelan que la calidad del agua es peor que antes de las obras. Uno de los contaminantes más críticos y que atañe a las plantas tratadoras, cuya operación cuesta al Municipio 590 mil pesos mensuales, es el de los coliformes fecales, bacterias intestinales cuya presencia en la laguna evidencia que recibe aguas negras.